Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 2 Pontianak lahir sehubungan dengan adanya perubahan PGAN 6 tahun Pontianak berdasarkan SK Menteri Agama RI No. 16 dan SK Menteri Menteri Agama No. 48 tahun 1978. Pada saat itu PGAN 6 tahun dipisah menjadi 2 tingkatan :
a. Tingkat Madrasah Tsanawiyah Negeri, lama belajar 3 tahun, (diambil dari kelas I, II dan III PGAN 6 tahun)
b. Tingkat PGAN, lama belajar 3 tahun, (diambil dari kelas IV, V danVI PGAN 6 tahun)
Sebagai Kepala PGAN 6 tahun pada waktu itu adalah Bapak Khusnan, BA, yang
selanjutnya tetap menjadi Kepala PGAN dan adapun yang menjadi pimpinan MTs Negeri 2 Pontianak, sejak berdirinya hingga sekarang adalah :
1) Tahun 1978 s/d 30 Juni 1981 : Drs. H. Hidayat Jayadikarta
2) Tahun 1981 s/d 30 Juni 1991 : M. Sayuthi, SH.
3) Tahun 1991 s/d 30 Nopember 1996 : Drs. H. Kasyim A. Ratak
4) Tahun 1996 s/d 30 Juni 1999 : H. Ibrahim Rasyid
5) Tahun 1999 s/d 31 Agustus 2005 : Basino, A,Md
6) Tahun 2005 s/d 30 Juni 2009 : Drs. Moh. Makinuddin M.Pd
7) Tahun 2009 s/d Oktober 2011 : Jamalus, S.Pd.I
8) Bulan Oktober 2011 s/d Desember 2016 : Drs. H. Razali, M. Pd.
9) Bulan Januari 2018 s/d Oktober 2024 : Hj. Yuliana, S.Pd, M.Pd
10) Bulan Oktober 2024 s/d Sekarang : H. Edi Setiawan, S.Ag.,S.Pd
Lokasi MTs Negeri 2 Pontianak pada awalnya berada di Jalan A. Yani Pontianak, satu lokasi dengan PGAN 3 tahun (sekarang MAN 2 Pontianak), yakni pada tahun 1978 sampai dengan 1985 dan semenjak tahun 1985 hingga sekarang menempati gedung sendiri di Jalan Prof M. Yamin Kota Baru Pontianak.
